PT Bank Mega Syariah ("Bank") didirikan di Republik Indonesia pada tanggal 14 Juli 1990 dengan nama PT Bank Umum Tugu (Bank Tugu), berdasarkan Akta Pendirian No. 102 di hadapan notaris Mudofir Hadi, S.H., pada saat itu beralamat di Jakarta. Pada tahun 2001, Bank diakuisisi oleh PT CT Corpora (d/h Para Group) melalui PT Mega Corpora (d/h PT Para Global Investindo) dan PT Para Rekan Investama. Akuisisi ini diikuti dengan konversi kegiatan usaha pada tanggal 27 Juli 2004 yang semula bank umum konvensional menjadi bank umum syariah dengan nama PT Bank Syariah Mega Indonesia (BSMI) serta dilakukan perubahan logo untuk meningkatkan citranya di masyarakat sebagai lembaga keuangan syariah yang terpercaya.
Pada tanggal 25 Agustus 2004, BSMI resmi beroperasi. Hampir tiga tahun kemudian, pada 7 November 2007, pemegang saham memutuskan untuk melakukan perubahan logo BSMI sehingga lebih menunjukkan identitas sebagai bagian dari grup Mega Corpora. Sejak 2 November 2010 hingga saat ini, bank dikenal sebagai PT Bank Mega Syariah (BMS).

Bank mendapatkan izin sebagai bank devisa, pada 16 Oktober 2008. Dengan status tersebut, bank dapat melakukan transaksi devisa dan terlibat dalam perdagangan internasional. Hal ini memperluas jangkauan bisnis bank dari domestik hingga internasional.

Pada tanggal 8 April 2009, bank mendapatkan izin sebagai Bank Penerima Setoran Biaya Penyelenggaraan Ibadah Haji (BPS BPIH) oleh Kementerian Agama RI. Dengan demikian, peran bank dalam menyediakan layanan perbankan syariah bagi umat di Indonesia semakin kuat.

Demi mewujudkan visi "Tumbuh dan Sejahtera Bersama Bangsa", PT CT Corpora sebagai pemegang saham utama bertekad menjadikan Bank Mega Syariah sebagai bank umum syariah terdepan di Indonesia. Komitmen ini tercermin dalam upaya terus memperkuat modal bank, memungkinkannya memberikan layanan terbaik di tengah persaingan industri perbankan yang semakin ketat. Upaya lainnya, yaitu pada tahun 2010, pemegang saham meningkatkan modal dasar dari Rp400 miliar menjadi Rp1,2 triliun melalui Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS), dengan modal disetor yang naik dari Rp150,060 miliar menjadi Rp 318,864 miliar. Saat ini, modal disetor telah mencapai Rp1,150 triliun.

Pada tahun 2013, Bank Mega Syariah memperkuat posisinya sebagai bank syariah terdepan di Indonesia dengan melakukan relokasi kantor pusat dari Menara Bank Mega ke Menara Mega Syariah. Kemudian, sejak 2018, Bank ditunjuk sebagai Bank Penerimaan, Bank Penempatan, dan Bank Mitra Investasi oleh Badan Pengelola Keuangan Haji (BPKH). Selanjutnya di tahun 2019, BPKH mempercayakan Bank Mega Syariah untuk menjadi salah satu Bank Likuiditas yang menjadi partner BPKH selaku penanggung jawab pengelolaan dana haji di Indonesia.