Pada awalnya dikenal sebagai PT Bank Umum Tugu (Bank Tugu), yaitu bank umum yang didirikan pada 14 Juli 1990 kemudian diakuisisi oleh PT Mega Corpora(d/h Para Group) melalui PT Mega Corpora (d/h PT Para Global Investindo) dan PT Para Rekan Investama pada 2001. Akuisisi ini diikuti dengan perubahan kegiatan usaha pada tanggal 27 Juli 2004 yang semula bank umum konvensional menjadi bank umum syariah dengan nama PT Bank Syariah Mega Indonesia (BSMI) serta dilakukan perubahan logo untuk meningkatkan citranya di masyarakat sebagai lembaga keuangan syariah yang terpercaya.

Pada tanggal 25 Agustus 2004, BSMI resmi beroperasi. Hampir tiga tahun kemudian, pada 7 November 2007, pemegang saham memutuskan untuk melakukan perubahan logo BSMI sehingga lebih menunjukkan identitas sebagai bagian dari grup Mega Corpora. Sejak 2 November 2010 hingga saat ini, bank dikenal sebagai PT Bank Mega Syariah.

Sejak 16 Oktober 2008, Bank Mega Syariah telah memperoleh ijin untuk beroperasi sebagai bank devisa. Dengan status tersebut, bank dapat melakukan transaksi devisa dan terlibat dalam perdagangan internasional. Artinya, status itu juga telah memperluas jangkauan bisnis bank, sehingga tidak hanya menjangkau ranah domestik, tetapi juga ranah internasional. Strategi perluasan pasar dan status bank devisa itu akhirnya semakin memantapkan posisi Bank Mega Syariah sebagai salah satu bank umum syariah terdepan di Indonesia.

Pada tanggal 8 April 2009, Bank Mega Syariah memperoleh izin dari Kementerian Agama RI sebagai bank penerima setoran biaya penyelenggaraan ibadah haji (BPS BPIH). Dengan demikian, bank ini merupakan bank umum kedelapan yang tercatat sebagai BPS BPIH yang tersambung secara online dengan Sistem Komputerisasi Haji Terpadu (Siskohat) Kementerian Agama RI. Izin itu menjadi landasan baru bagi Bank Mega Syariah untuk semakin melengkapi kebutuhan perbankan syariah bagi umat di Indonesia.

Selain itu, sejak tahun 2018 Bank Mega Syariah telah ditunjuk sebagai Bank Penerimaan, Bank Penempatan dan Bank Mitra Investasi oleh Badan Pengelola Keuangan Haji (BPKH). Dan selanjutnya di tahun 2019, BPKH mempercayakan Bank Mega Syariah untuk menjadi salah satu Bank Likuiditas yang menjadi partner BPKH selaku penanggung jawab pengelolaan dana haji di Indonesia.

Untuk mewujudkan visi “Tumbuh dan Sejahtera Bersama Bangsa”, PT Mega Corpora sebagai pemegang saham mayoritas memiliki komitmen dan tanggung jawab penuh untuk menjadikan Bank Mega Syariah sebagai bank umum syariah terbaik di industry perbankan syariah nasional. Komitmen tersebut dibuktikan dengan terus memperkuat modal bank. Dengan demikian, Bank Mega Syariah akan mampu memberikan pelayanan terbaik dalam menghadapi persaingan yang semakin ketat dan kompetitif di industri perbankan nasional. Misalnya, pada tahun 2010, sejalan dengan perkembangan bisnis, melalui Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS), pemegang saham meningkatkan modal dasar dari Rp400 miliar menjadi Rp1,2 triliun dan modal disetor bertambah dari Rp150.060 miliar menjadi Rp318.864 miliar. Saat ini, jumlah modal disetor telah mencapai Rp847.114 miliar.

Pada tahun 2013, untuk semakin memperkokoh posisi Bank Mega Syariah sebagai salah satu bank syariah terdepan di Indonesia, maka bank melakukan relokasi kantor pusat dari Menara Bank Mega ke Menara Mega Syariah